Berlatar di Tokyo di masa depan yang tidak terlalu jauh, Paprika berkisah tentang seorang psikoterapis muda bernama Dr. Atsuko Chiba. Ia memiliki alter ego dalam dunia mimpi bernama "Paprika," seorang detektif imut dan lincah yang mampu memasuki mimpi orang lain menggunakan perangkat canggih bernama DC Mini.

Masalah muncul ketika tiga prototipe DC Mini dicuri. Pencuri ini mulai menyusup ke dalam mimpara para peneliti, membuat mereka kehilangan kendali atas realitas. Lambat laun, mimpi mulai menginvasi dunia nyata, menciptakan kekacauan yang mengerikan. Kini, Paprika dan rekan-rekannya harus berjuang melawan "teror mimpi" ini sebelum batas antara sadar dan tidak sadar benar-benar runtuh.